1600年5月18日，利玛窦第二次获得机会由南京前往北京。北京作为都城，吸引着许多西方人向往。但在前往北京的途中利玛窦却不料在天津遭到扣压，后经万历皇帝“御批”，才得以放行。1601年1月24日，利玛窦抵达北京，朝见了万历皇帝，并敬献了自鸣钟和万国地图等礼物。

初到北京时，利玛窦被安排在“四夷馆”居住，这是明朝接待外宾的馆舍。不久，朝廷打破西方人不许长住京城的“祖制”，破例允许利玛窦一行居留京城。1605年8月，利玛窦在北京城南宣武门找到了一处固定住所，并修建了一座教堂，这就是南堂的前身。

在北京，利玛窦日常工作的很大一部分是接客访友。他与官员士人交往、互动频繁。据学者考证，其在京结交的士大夫不下50余位，尤其是与徐光启的交往被传为历史佳话。徐光启特意租住于利玛窦住处附近，两人几乎天天见面，朝夕聚谈，切磋科学，探讨人生。有学者认为，正是他们二人，完成了历史上第一次较为深刻的中西对话，二人不仅建立了深厚的友谊，还在中西两个不同的知识系统间不断地交换信息资源。

他们一起完成了很多中文和拉丁文之间的互译工作。例如1607年，徐光启和利玛窦合作翻译完成了《几何原本》前六卷。翻译过程中，利玛窦口授，徐光启逐字逐句地反复推敲，再三修改，用简练而准确的语言翻译几何术语。今天，我们熟知的“点”“线”“面”“平行线”“对角线”“三角形”“四边形”等几何名词，正是徐光启创造性地概括和提炼。

此外，利玛窦与李之藻的友谊也十分深厚。二人在朝阳门外的金台相遇，李之藻佩服利玛窦的学识，便以利玛窦为师，向他学习请教。两人合作翻译了《乾坤体义》《浑盖通宪图说》《经天该》《同文算指》等科学著作。

利玛窦在北京结交士大夫，增进中国文化学识的同时，也开始积极传教并编纂书籍，包括以中文写成《二十五言》等，得到了中国知识分子的尊重。1610年，利玛窦在北京病逝，终年58岁。当时，客死中国的传教士按惯例本应移葬在澳门，鉴于利玛窦所做的巨大贡献，万历皇帝破例准许利玛窦葬于阜成门外的滕公栅栏，他也由此成为第一位被允许安葬在北京的外国人。

综合《北京日报》、环球网等