在利玛窦的中国之旅中，他曾三次到访过南京。虽然每次都遇到不少“意外”，但南京的经历对利玛窦而言，是承前启后的重要阶段，也是他攀登事业高峰不可或缺的基石。

1595年，明朝朝廷召用已经退休的原兵部侍郎石星北上入北京，利玛窦以治疗他精神失常的儿子为由被允许随行。起初，利玛窦满怀希望地计划随石星赴京，但根据当时的规定，都城不允许外国人随便进入。特别是当时正值战事期间，外国人入京受到严格限制，石星便答应帮助利玛窦先到达南京。5月31日，利玛窦一行抵达南京。第一次到南京，利玛窦异常兴奋，当得知一位曾在广东任兵备道的老熟人徐大任已调任南京工部侍郎时，他更是喜出望外。不料，中日在朝鲜开战使国内气氛变得十分紧张，无人敢接纳这位外国人，最终，利玛窦被逐出南京。

1598年，利玛窦又抓住了一个难得的机会。他的朋友，已经辞官回乡的原南京礼部尚书王忠铭官复原职，准备在到任一个月后赴北京为皇帝庆贺诞辰。1598年6月25日，利玛窦一行随王忠铭再次前往南京。在此期间，利玛窦结识了应天巡抚赵可怀，并赠送给对方几件欧洲礼品，引起了赵可怀的极大兴趣。两人随即展开了一场跨文化的深度交流。他们讨论数学问题，也讨论欧洲风土人情、奇闻趣事。赵可怀兴致盎然，将利玛窦留下，相处了十日，临别前又赠送了一大笔银子作为路费。

1598年9月7日，利玛窦终于来到了明帝国的都城北京，但中日战事带来的恐外心理，使得北京也无人愿意收留他。1599年2月6日，利玛窦不得不再次返回南京。这一次，南京城的气氛与前两次迥然不同，困扰明帝国多年的战争已经结束，利玛窦决定暂时定居此处。他买下南京市中心一处房子，而后将其改建成展示西方文明的展览馆。

南京的这段旅程却对利玛窦日后的成就产生了极为重要的影响。在这里，利玛窦第一次对明王朝的政治结构有了了解，也结交了大量官场和学术界的朋友。在林金水先生撰写的《利玛窦与中国士大夫交游一览表》中所涉及的142位名人中，在南京结识的就有31名，几乎占了四分之一。

综合《南京日报》、《利玛窦中国札记》等